自治區農村信用社聯合社成立于2005年9月，代表自治區人民政府對全區農合機構履行管理、指導、協調和服務職能。區聯社機關現設立22個部室（中心），下設南寧、柳州、桂林、梧州、玉林、百色、河池、北海等8個辦事處。至2018年9月末，全系統共有91家縣級農村合作金融機構（其中縣級農村信用聯社42家，農村合作銀行16家，農村商業銀行33家，統稱農村合作金融機構，簡稱農合機構），機構網點2367個，從業人員2.5萬多人，是全區人員數量最多、服務網絡最廣、資產規模最大、資金實力最強、對“三農”和地方經濟支持力度最大、納稅最多的一家銀行業金融機構。